RESUMEN
Instalé nautilus en UbuntuStudio 16.04 y si uno usa el tipo de vista de lista:

nautilus está configurado para mostrar todo por orden alfabético pero mezclando las carpetas también, mire esta imagen:

para dejarlo como estaba antes haga lo siguiente
Instrucicciones:
Instale Editor de dconf

Cierre el programa, cierre nautilus y vuelvalo a abrir y listo, quedarán ordenadas. Miren el mismo directorio ahora:

Fuente:
mi propia investigación
Instalé nautilus en UbuntuStudio 16.04 y si uno usa el tipo de vista de lista:

nautilus está configurado para mostrar todo por orden alfabético pero mezclando las carpetas también, mire esta imagen:

para dejarlo como estaba antes haga lo siguiente
Instrucicciones:
Instale Editor de dconf
sudo apt-get install dconf-editor
luego lancelo y busque como muestra en la imagen y marque "short-directories-first":
Cierre el programa, cierre nautilus y vuelvalo a abrir y listo, quedarán ordenadas. Miren el mismo directorio ahora:

Fuente:
mi propia investigación
Gracias brother. Me funcionó, con la unica diferencia de que el parámetro "sort-directories-first" esta en la ruta:
ResponderBorrar/org/gtk/settings/file-chooser/sort-directories-first