Kate por defecto elimina los espacios finales en las líneas de texto de archivos markdown .md

En Markdown, el lenguaje de marcado ligero utilizado comúnmente para crear contenido formateado, se emplea una convención específica para indicar un salto de línea dentro de un mismo párrafo. Esta convención consiste en insertar dos espacios al final de una línea y luego presionar Enter.

¿Por qué funciona así?

Preservación de espacios en blanco: Markdown está diseñado para ser fácil de leer y escribir, por lo que preserva los espacios en blanco tal como los escribe el autor.  
En resumen:

La convención de los dos espacios al final de una línea en Markdown es una característica del lenguaje que permite a los autores controlar la apariencia del texto final, incluso a nivel de línea, sin necesidad de utilizar etiquetas HTML. Es una herramienta útil para crear texto formateado de manera sencilla y eficiente.

  Procesadores de Markdown: No todos los procesadores de Markdown interpretan los dos espacios al final de una línea de la misma manera. La mayoría de los procesadores modernos sí lo hacen, pero es recomendable verificar la documentación del procesador. Kate si puede retener los espacios al final de las líneas pero hay que configurarlo

 

Configurando Kate para que no elimine los espacios al final de las líneas

Abre Kate.

Ve al menú Preferencias > Configurar Kate.

En el panel de la izquierda, selecciona la categoría Abrir/Guardar.

Busca la opción Limpieza automática al guardar 

Allí poner:

Nunca

y Guardar y Cerrar

y Kate no borrará los espacios en blanco al final de las líneas de texto.

Dios les bendiga

CONSULTAS

Remove trailing spaces
https://kate-editor.org/2012/10/27/remove-trailing-spaces/